Blog 11 MSCNN

Het eerste jaar van het PhD-traject; van optimalisatie naar resultaat

Hallo allemaal,

Een aparte afsluiting van ons eerste jaar, nu het coronavirus om de hoek is komen kijken. Ook onze afdeling heeft strenge maatregelen moeten nemen. Ongeveer twee weken geleden kregen we te maken met de eerste maatregelen. Zo werden de deuren die toegang geven naar het ziekenhuis (UMCG) afgesloten. We mochten geen handen meer schudden en al snel werden de vergaderingen geannuleerd. Een paar dagen later hoorden we dat we zoveel mogelijk thuis moesten gaan werken. De meeste mensen werken nu ook thuis en zijn data aan het analyseren of resultaten aan het op schrijven. Echter, een paar mensen hebben nog toegang tot het lab, om de urgente lab experimenten gaande te houden, zoals ook de cellen en mini-breintjes van Wendy en Marion.

In deze blog kijken we terug op het vorige jaar, maar laten we ook weten wat onze plannen zijn voor het komende jaar.

Het eerste jaar ging vooral over het optimaliseren van verschillende processen. Voor Jody ging het over de omgeving van de cellen, ook wel de extracellulaire matrix genoemd. Zowel de samenstelling als de elasticiteit van deze matrix in multipele sclerose (MS) laesies is voor haar van interesse omdat deze eigenschappen het herstel in door MS aangetast weefsel kunnen bevorderen. Voor Wendy ging het meer specifiek over de eiwitten op het oppervlakte van de cellen. Maar ook hoe het weefsel er in detail uitziet en of we een beter model kunnen ontwikkelen om MS te bestuderen (mini-breintjes, zie blog 3). Daarnaast is Marion het afgelopen jaar bezig geweest met het optimaliseren van de spatial transcriptomics techniek (zie blog 1). Deze techniek maakt het mogelijk om naar de genexpressie in weefsels te kijken, waarbij achteraf kan worden nagegaan op welke locatie in dit weefsel welke genen tot expressie kwamen. 

Het overkoepelende doel van deze projecten is om meer inzicht te krijgen in het ontstaan van MS en om het proces van het falen van het herstel van myeline beter te begrijpen. De hersenen bestaan uit witte stof en grijze stof die elk hun eigen functie en eigenschappen hebben. We gaan kijken of er verschillen zijn tussen witte stof afkomstig van mensen zonder MS in vergelijking met ‘normale’ witte stof van mensen met MS (witte stof zonder aangetaste gebieden). Hetzelfde doen we voor de grijze stof om te zien of er verschillen zijn tussen de grijze stof van iemand met MS en de grijze stof van iemand zonder MS. Daarnaast gaan we dit ook onderzoeken voor verschillende soorten aangetaste gebieden, ook wel laesies genoemd (actieve, inactieve en herstelde laesies). De combinatie van de drie projecten zorgt ervoor dat we meer inzicht krijgen in de communicatie tussen cellen en hun omgeving op zowel gen- als eiwit-niveau.

In de komende tijd gaan we ons ook richten op verschillende experimentele modellen waarin een aspect van MS wordt nagebootst. Deze modellen kunnen gebruikt worden om bijvoorbeeld te bestuderen wat er gebeurt tijdens succesvol herstel van aangetaste gebieden en of dit verschillend is tussen grijze en witte stof (grofweg het verschil tussen de buitenlaag van het brein en de binnenkant). Ook zijn net de eerste monsters opgestuurd voor eiwit analyse, dit wordt gedaan om te kijken of de samenstelling van de extracellulaire matrix en de oppervlakte eiwitten van mensen met MS anders is dan bij mensen zonder MS. Daarnaast wordt in de komende maanden de spatial transcriptomics techniek gebruikt om de genexpressie van de grijze stof en verschillende laesies in kaart te brengen. Voor de witte stof is deze techniek al toegepast. Echter moet alleen de laatste stap nog worden uitgevoerd. Op het moment kan dit helaas niet kan worden gedaan doordat alles stil ligt in het lab door het coronavirus.