Blog 14 MSCNN

Hallo lieve lezers,

Het is alweer een tijdje geleden dat ik een blog heb geschreven en in de verstreken tijd is er best veel gebeurd; (1) corona kwam om de hoek kijken, (2) ik heb samen met Anneke Miedema een review geschreven en gepubliceerd, (3) we hebben twee spatial transcriptomics experimenten uitgevoerd en we zijn bezig met het analyseren van deze data. Verder (4) hebben Wendy en ik de mini-breintjes nog altijd in kweek staan.

Rond maart 2020 zijn Anneke en ik begonnen met het schrijven van een review. Dit is een artikel waarin de huidige stand van zaken van een bepaald vakgebied wordt besproken. Het schrijven van een review neemt erg veel tijd in beslag en wanneer je experimenten hebt, moet je het schrijven van een review dus goed om je experimenten heen kunnen plannen. Nu in de coronatijd was het een verplichting om thuis te werken en alle lab experimenten tijdelijk los te latenHierdoor konden we ons dus helemaal focussen op het schrijven van dit review. In ons review bespreken we microglia heterogeniteit, oftewel: hoe kan het dat de immuuncellen van het brein er zo verschillend kunnen uitzien en ook zo verschillend kunnen reageren? Hierbij focussen we vooral op multiple sclerosis en bespreken we verschillende methodes waarmee we meer te weten kunnen komen over microglia heterogeniteit. Uiteindelijk is het review in september 2020 gepubliceerd! De link naar ons gepubliceerde review is: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7654237/     

Verder ben ik begin 2020 en opnieuw in augustus 2020 bezig geweest met een spatial transcriptomics experiment (zie blog 1 en blog 4 voor meer informatie over deze techniek). De hersenen bestaan uit witte en grijze hersenstof. De witte stof wordt zo genoemd omdat het veel myeline bevat. Myeline is stof die wordt afgebroken in mensen met multiple sclerosis (MS) en dit veroorzaakt vaak motorische klachten. Hierdoor wordt het voor de hersencellen moeilijker om signalen door te sturen naar andere cellen. Begin 2020 hebben wij hier in het lab witte stof hersensamples van mensen met MS en zonder MS gebruikt in een spatial transcriptomics experiment. Het doel hiervan is om te kijken in welke mate genen ‘aan’ of ‘uit’ staan en of dit verschilt tussen mensen met MS en zonder MS. In augustus 2020 hebben we dit opnieuw gedaan, maar dit keer hebben we grijze stof samples opgewerkt. Op het moment ben ik bezig met de data analyse van deze samples. Helaas kan ik daar nog geen resultaten van laten zien, omdat dit nog ongepubliceerde data is, maar ik heb hieronder een plaatje toegevoegd van een plakje van een half muizenbrein dat is geanalyseerd met de spatial transcriptomics techniek en dat de expressie (de mate waarin een gen ‘aan’ of ‘uit’ staat) van het myeline gen (PLP1) weergeeft. Hoe roder een spatial transcriptomics spot, hoe hoger de expressie van dit myeline gen. In dit plaatje is goed te zien dat in het hersengebied genaamd ‘corpus callosum’ de expressie van dit gen hoger is in vergelijking met de rest van het breintje. Deze hersenstructuur verbindt de linker en rechter hersenhelft en bevat meer gemyeliniseerde hersencellen in vergelijking tot de rest van de hersenstructuren. Op het moment zijn wij bezig met het maken van zulke plaatjes voor onze humane MS samples, waarin wij kijken of er genexpressie verschillen zijn tussen mensen met MS en mensen zonder MS.